DNA限制性内切酶酶切是一项基于DNA限制性内切酶的基因工程技术，其基本原理是利用限制性内切酶对DNA上特定序列的识别，来确定切割位点并实现切割，从而获得所需的特定序列。

生物体内能识别并切割特异的双链DNA序列的一种内切核酸酶。它是可以将外来的DNA切断的酶，即能够限制异源DNA的侵入并使之失去活力，但对自己的DNA却无损害作用，这样可以保护细胞原有的遗传信息。由于这种切割作用是在DNA分子内部进行的，故名限制性内切酶（简称限制酶）。

限制酶分布区域

限制性核酸内切酶分布极广，几乎在所有的属、种中都发现至少一种限制性内切酶，快切酶，多者在一属中就有几十种，例如在嗜血杆1菌属中（Haemophilus）现已发现的就有22种。有的菌株含酶量极低，很难分离定性；然而在有的菌株中，酶含量极高．如E. coli的pMB4(EcoRI酶）和H. aegyptius(Hal Ⅲ酶）就是高产酶菌株。据报道从10g的H. aegyptius的细胞中，能分离提纯出可消化l0gλ噬菌体DNA的酶量。是限制性内切酶，尤其是特异性非常强的I类限制性内切酶的主要来源。

限制酶的限制作用实际就是限制酶降解外源DNA ，维护宿主遗传稳定的保护机制。Methylation是常见的修饰作用，可使腺piao呤A和胞嘧1啶C Methylation而受到保护。通过甲1基化作用达到识别自身遗传物质和外来遗传物质的目的。

所以，能产生防御病毒侵染的限制酶的，其自身的基因组中可能有该酶识别的序列，只是该识别序列或酶切位点被Methylation了。但并不是说一旦Methylation了，所有限制酶都不能切割。大多数限制酶对DNAMethylation敏感，因此当限制酶目标序列与Methylation位点重叠时，对酶切的影响有3种可能，即不影响、部分影响、完全阻止。

对MethylationDNA的切割能力是限制酶内在和不可预测的特性，因此，为有效的切割DNA，必须同时考虑DNA Methylation和限制酶对该类型Methylation的敏感性。另外，大部分商业限制酶如今专门用于切割Methylation DNA。

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