从控制方式上分有五种，分为手动控制型、电气自控型、电脑自控型、电脑半自动控制型、电脑全自动控制型（远程控制型）等五种。

1、手动控制型 折叠

所有阀门和水泵均由手动控制，包括加水、升温、保温、降温等工序。

2、电器自控型 折叠

压力由电接点压力表(双表1控排，1控补）控制，温度由传感器（pt100）和进口温控仪控制（精度为±1℃），降温过程由人工操作。

3、电脑自控型 折叠

采用PLC和文本显示器将采集的压力传感器信号和温度信号进行处理，可以储存杀菌工艺，控制精度高，温控可达±1℃，（主要控制补气，排气，温度，时间）降温过程由人工操作。

4、电脑半自动控制型 折叠

全部过程都有PLC和触摸屏控制，可以储存杀菌工艺，操作工只需按启动按钮即可，杀菌完毕后自动报警，温控精度可达±0.5℃。（整个杀菌过程形成了数字化，机械化）基本上达到了一指通。（除去进出货物和开关锅门）

5、电脑全自动控制型（远程控制型） 折叠

在电脑半自动的基础上，整机和前后的输送线自动连接，整机具备自动进出料，自动开关锅门，锅内导轨可前后自动伸缩，（整机达到了数字化，机械化）可形成远程控制或操作，为车间的无人化操作鉴定基础。远程控制的使用为售后服务节省了时间。

选择原则　　
1、主要从控温精度和热分布均匀性上进行选择，若产品要求温度很严格，尤其是出口产品，因为要求热分布很均匀，所以应尽量选择电脑全自动杀菌锅。电脑半自动杀菌锅温度控制、压力控制与电脑全自动相同，但是价格却是电脑全自动的1/3。一般要求可以选择电气半自动杀菌锅。手动杀菌锅杀菌难度高，控温和控压等都由人工完成，食品外观很难掌握，涨罐（袋）和破碎率高。
2、若产品是含气包装或者产品外观比较要求比较严格，则应选择电脑全自动或电脑半自动杀菌锅。
3、若产品是玻璃瓶或马口铁，因为升温和降温速度都要求可以控制，所以尽量不应选择双层杀菌锅。
4、若从节约能源考虑，可选择双层杀菌锅，其特点是上罐是热水罐，下罐是处理罐，上罐的热水重复使用，可节约大量蒸汽，适合每天产量超过10吨的食品生产企业。
5、若产量较小或者没有锅炉，则可以考虑使用电汽两用杀菌锅，其原理是蒸汽由下罐电加热产生，上罐灭菌。
6、若产品粘稠度很高，杀菌过程中产品需要旋转，则应选择选择旋转式杀菌锅。