不同杀菌形式的全自动杀菌锅也适应于对不同种类产品的杀菌。其中全水浴式杀菌适合于罐头和玻璃瓶；蒸汽杀菌更适合于马口铁；水淋式和水汽混合杀菌几乎可以应用到各种产品，水淋式更适合于软包装和PV盒装，水汽混合杀菌更是可以适合于特种产品的杀菌；而且带热交换器的水淋式和水汽混合杀菌可以节约很多水资源和热能量，尤其是水汽混合杀菌。